على الرغم من شهرته ومكانته الرفيعة في تاريخ الثورة الاسلامية، الاّ انّ الفقيه المجاهد آيةالله السيد مصطفى الخميني، لازال مجهولاً! رجل كبير، احترف الفقه والاجتهاد في ساحة الجهاد والهجرة، وهو، بحق جدير بأن يكون طليعة شهداء الثورة الاسلامية. هو مصطفى الامام والثورة الاسلامية. لقد طوى المسار الصعب للنضال، جنباً الى جنب مع الأمام، بحمل من المعارف الأصلية، تعلمها في مدرسة الوالد وعظماء الحوزة الأخرين، واوجدت شهادته عاصفة من الصرخات والتحرك عام 1356 هـ.ش (1977م) ليس في كل انحاء ايران فقط بل وفي العالم الاسلامي اجمع.
ماقاله العظام في العلامة السيد مصطفى:
-الامام الخميني (قدس سره):
قال سماحة الامام الخميني (قدس سره) واصفاً الحاج السيد مصطفى:
كنت آمل ان يصبح هذا المرحوم (الحاج السيد مصطفى) خادماً ونافعاً للأسلام والمسلمين، لكن "لاراد لقضائه وان الله لغني عن العالمين"، حيث كان التقدير الالهي شيئاً أخر ولاشيئ يمكنه دفع ذلك.
-سماحة القائد المعظم آية الله الامام الخامنئي:
تناول القائد المعظم بالتكريم شخصية السيد مصطفى قائلاً:
كان السيد مصطفى الخميني، احد شخصيات الاسلام المؤثرة، الهامة. كانت له شخصية تضم جميع الجوانب، وتشير الى ان الخصائص الايجابية في وجوده، كانت بحالة نمو وتطور. تعرفت عليه منذ سنوات سبقت، كوجه علمي متميّز في حوزة قم العلمية. يُعتبر تكريمه، في الحقيقة، تكريماً لسماحة الامام رحمه الله وتكريماً للقيم الاسلامية والثورية.
-سماحة آية الله بهاء الديني:
قال آية الله بهاء الديني، حول الحاج السيد مصطفى الخميني:
لقد تعلم آية الله الحاج السيد مصطفى الخميني، العلوم العقلية والنقلية والسياسة الاسلامية والدينية في شبابه، وارتقى الى مكانة كان فيها احد نُخب عصرنا بل وكافة العصور والازمنة. كان صادق السيرة والكلام، مُطّلعاً على النفوس بذكاء ودهاء. كان له دور كبير في الثورة الاسلامية واحداثها.
الشهيد المظلوم:
عند عدم استطاعة حكومتَي ايران والعراق على الحد من انشطة الحاج السيد مصطفى الخميني، السياسية، وشعورهما، بأن وجوده خطر جدي عليهما، تم التخطيط لتنفيذ تهديداتهما، حيث قاموا بتسميمه، بشكل مريب وقتله شهيدا، يوم الاول شهر آبان 1356 هـ.ش (1977م)، في الوقت الذي لم يبلغ فيه عمره اكثر من 47 ربيعاً، لأن العلامات المتواجده على صدره، رأسه، يديه، رجليه ووجهه، تشير الى مسمومية شديدة، ولا ارتاب في انهم قتلوه مسموماً، عن طريق بعض ازلام النظام البهلوي.
اللطف الخفي:
كان السيد مصطفى الخميني، الفراشة الحَرِكَة لشمس الثورة الاسلامية. كان دائماً وفي كل مكان عضد وفدائي الوالد. كان السَيد مصطفى الى جانب الامام، ينتعش ويتنوّر ويحقن وجوده في جسم ثورة الخامس عشر من خرداد، النحيل، فاصبح دمه روح الثورة وشهادته الطاف الهية خفية، هطلت على الشعب.. وبعبارة اخرى، بعثت شهادة امل الاسلام، هذا، على ان يكون عامل حياة جديدة للثورة الاسلامية.