Tout au long de sa vie, dans ses paroles comme dans ses actes, l'Imam Khomeini a montré une préoccupation constante pour la culture, portée vers deux pôles en particulier : l'université et les universitaires d'un côté, les séminaires religieux et leurs étudiants de l'autre. Ses discours reviennent sans cesse sur ce sujet, et sur le plan pratique, la fermeture des universités pendant la révolution culturelle — décidée pour transformer en profondeur les objectifs, les contenus et les programmes universitaires — en témoigne directement. Pour l'Imam, le bonheur ou le malheur d'une société se lit dans la façon dont elle éduque et forme, et dans le fonctionnement de ses universités.
Il estimait que le mauvais fonctionnement des universités avait largement facilité l'implantation du colonialisme dans les pays colonisés. Selon lui, le système éducatif et universitaire des pays du tiers-monde, en particulier des pays musulmans, restait construit sur la pensée humaniste et matérialiste de l'Occident et sur le système de domination qui en découle ; les objectifs d'exploitation coloniale se seraient ainsi imposés à ces sociétés par le biais de leurs propres élites universitaires. La réappropriation locale des contenus et du fonctionnement des universités, et le renforcement réel de cette institution au service des objectifs scientifiques et économiques du pays, ont donc compté parmi les priorités constantes de l'Imam, de la victoire de la révolution jusqu'à sa mort. Islamiser et adapter au contexte local les contenus d'enseignement et de recherche, en phase avec les besoins du pays, d'une part ; former et éduquer moralement les universitaires et les étudiants, d'autre part : voilà les deux axes que l'Imam considérait comme déterminants pour donner à l'université une vraie capacité scientifique et économique. Dans sa pensée, l'éducation morale — fondée sur les principes et les valeurs humaines et islamiques, porteuse d'engagement et de responsabilité sociale et religieuse — occupe une place centrale.
L'Imam Khomeini considérait le savoir pour le savoir, dépourvu de dimension éducative et de purification de l'âme, comme un voile — et même le plus grand des voiles, une forme d'obscurité.
Il l'exprimait ainsi : « Le Prophète, dans le hadith authentique rapporté par Al-Kâfî, réduit le savoir à trois choses [selon Abou al-Hassan Moussa : « Le Prophète a dit : le savoir se limite à trois éléments — un verset clair, une obligation juste, une tradition établie ; tout le reste n'est que surplus. » (Osoul al-Kâfî, tome 1, p. 24, Livre du savoir, chapitre 3, hadith 1)]. Le premier de ces trois éléments, le savoir des croyances, il le désigne comme "verset et signe manifeste" — ce qui signifie que même la théologie doit rester un signe divin, orientée vers la recherche du Vrai et de l'Aimé absolu. Un théologien ou un sage qui consacrerait sa vie aux ramifications éclatées et aux disciplines multiples de la théologie et de la philosophie, sans que ce savoir reste un signe divin et un instrument de quête du vrai, ferait de ce savoir même un voile, et même le plus grand des voiles : sa science ne serait plus science divine, ni sa sagesse, sagesse divine. Après beaucoup de débats et de discours sans fin, son cœur s'attacherait davantage à la multiplicité du monde matériel, et son âme se fixerait solidement aux branches de l'arbre mauvais. » (Sharh Hadith Jonoud al-'Aql wa al-Jahl, texte, p. 8-9)
Pour l'Imam Khomeini, seul un savoir fondé sur la purification de l'âme du savant et le développement des vertus morales apporte le bonheur et la clarté. Dans sa pensée, les universités ne deviendront réellement fortes que lorsqu'elles s'équiperont des deux ailes de l'éducation : la connaissance et la formation morale.
Pour approfondir l'ensemble de la pensée de l'Imam sur l'université et les étudiants, on peut se reporter au recueil thématique consacré à ses propos sur ce sujet, publié sur le site imam-khomeini.ir.