Sayyid Mustafa le premier enfant de l’Imam Khomeini (Que Dieu le bénisse) vient au monde le 21 Azar 1309 (Solaire) (le 21 Rajab 1349 de l’Hégire) (Le 12 décembre 1930 du calendrier grégorien), dans la ville sainte de Qom. Pour garder vivants le souvenir et la mémoire de son père Hadj Seyyed Mustafa assassiné par les chefs de tribu de Khomein, l’Imam Khomeini (Que Dieu le bénisse) se donne pour nom de famille Mustafavi et nomme son premier enfant Sayyid Mustafa.
Sayyid Mustafa passe son enfance dans le giron maternel, entouré de l’affection, de l’érudition et de la sagesse paternelle. Ce cadre familial pétri de spiritualité, de religiosité, d’éducation et d’élévation favorise l’émergence de sa personnalité religieuse, scientifique et islamique, et contribue à l’épanouissement de son talent et de son génie, qui marqueront d’une empreinte indélébile une époque difficile avec de nombreux problèmes sociaux-culturels, et une société victime d’analphabétisme.
Sayyid Mustafa entre à l’âge de sept ans à l’Ecole Movahedi de Qom, et clôture à la fin de la sixième année le cycle du primaire dans cette école et dans l’Ecole Baqeria domiciliée elle aussi à Qom. Il rejoint ensuite à l’âge de quinze ans la sphère des études théologiques au Centre d’instruction religieuse de Qom. Aussitôt après la phase des études préparatoires, il intègre le cycle Sath (Principes de droit et de philosophie par l’étude approfondie des textes classiques, pour une durée de cinq ans) et reçoit l’enseignement du Fiqh (Jurisprudence) et du Oussoûl (Bases et Fondements). Il commence le cycle Kharej (Etudes supérieures) et les cours de Hawza (Séminaire d’études en religion) en présence de Ayatollah Borujerdi et de l’Imam Khomeini, et après le décès de Ayatollah Borujerdi dans le courant de l’année 1340 (Solaire) (1961-1962 du calendrier grégorien), il continue les leçons du Kharej Fiqh (Etudes supérieures de Jurisprudence) sous le professorat et l’érudition de son père, et bénéficie aussi des enseignements de Ayatollah Sayyid Muhammad Damad.
Dans le courant de l’année 1335 (1956-1957), il épouse à l’âge de vingt-quatre ans Ma’soumeh Haeri la fille de Ayatollah Sheikh Morteza Haeri, et les fruits de cette union se sont trois enfants prénommés Mahboubeh, Hussein et Maryam.
Du fait de son génie, de son aptitude aux sciences et de sa réussite à tous les stades d’acquisition de la Hawza, il atteint à l’âge de vingt-sept ans le degré de l’Ijtihad (Procédé de déduction des statuts légaux à partir de la Chari`ah (La Loi islamique)), et ce cinq années après avoir débuté le cycle Kharej.
Sayyid Mustafa jouera alors un rôle important dans toutes les activités politiques avant et après l’exil de l’Imam Khomeini (Que Dieu le bénisse) et surtout dans le soulèvement du 15 Khordad 1342 (Année solaire bissextile) (5 juin 1963), et c’est sur ce chemin qu’il atteindra durant l’année 1356 (1977-1978), à l’âge de quarante-sept ans, le degré sublime du martyr.